与传统物流系统相比，自动化物流系统的优势主要体现在以下几方面：
1、提高生产与配送的效率和准确性
自动化物流系统采用先进的信息管理系统、自动化物料存储、分拣和搬运设备等，使货物在仓库内按需要自动存取与分拣。工业生产环节，自动化物流系统直接与生产线对接，根据生产需要，在指定的时间将物料自动输出至生产线，随时满足生产所需的原材料，使原材料的供给数量和生产所需的数量达到一个最佳值，提高企业的生产效率；通过采用先进的识别技术与信息处理技术，可以有效的对物料进行管理，保证投料的准确性，同时还可准确跟踪货物流向。商业配送环节，自动化物流系统根据接受的订单信息自动安排发货配送，通过使用自动拣选技术、电子标签技术、条形码技术等，可以大幅提高分拣与配送的效率和准确性。
2、实现企业信息一体化
物流信息化是企业信息化重要组成部分，物流信息管理系统通过与企业其他管理系统无缝对接，实现信息在企业的各个系统之间自动传递与接收，使企业实现信息一体化，避免物流系统成为“信息孤岛”，对供产销全过程进行计划、控制和物料跟踪。生产过程中，自动化物流系统通过实时采集企业生产过程中所有最基层的物流信息，并不断向上汇总，形成能够指导企业采购、生产的信息流。
销售过程中，自动化物流系统可自动获取其他管理系统的订单信息并进行处理，保证信息获取迅速、处理及时；可有效捆绑配送与仓储、销售之间的业务联系，通过对各业务终端的实时掌控，及时、准确、高效地汇总配送需求并进行备货、配送，并根据需求参考库存数据自动生成采购数据或通知生产车间组织生产。
3、提高空间利用率，降低土地成本
自动化物流系统采用高层货架存储货物，存储区可以向高空发展，减少库存占地面积，提高仓储空间利用率和库容。目前，世界上最高的自动化立体仓库高度已达50m，立体仓库货架区单位面积的储存量可达7.5t/m2，是传统普通仓库的5-10 倍，与传统普通仓库相比可以节约40%-70%的占地面积，可以大幅降低土地成本。
4、减少人工需求，降低人工成本
自动化物流系统可以减少对人工的需求及降低劳动强度，提高劳动效率。例如：同样吨位货物存储时配备的仓储物流人员，自动化物流系统可以节约2/3 以上。
5、提高物流管理水平
自动化物流系统可以对库存的入库、出库、移库、盘点等操作进行全面的控制和管理，不但反映了物品进销存的全过程，而且可对物品进行实时分析与控制，为企业管理者作出正确决策提供依据，平衡企业生产、储存、销售各个环节，将库存量减至最优存储量，大幅提高资金流转速度与利用率，降低库存成本；通过使用卫星定位系统等技术可对物资运输路线进行优化，对在途物资实时监控，保证物资的安全。
此外，自动化物流系统还有能较好地适应黑暗、有毒、低温等特殊物流环境的作业需求等优势。