1.普通叉车+穿梭车货架系统。与堆垛机系统相比，这种系统的自动化程度虽不高，但成本低得多;另外，在同等仓储面积下可以容纳的货位更多。因为堆垛机系统在托盘货物载重1吨的情况下一般只能做到双伸位、最多三伸位存储，而穿梭车系统则可以做到十几个甚至几十个伸位，因此存储密度更高。

2.子母车货架系统。与堆垛机系统相比，首先子母车单机结构更加简单，简单意味着故障点较少;其次存储密度更高;再者具有可扩展性，柔性化程度更高;第四，应急处理更加及时，如当堆垛机出现故障时，会导致整个巷道作业停止，影响系统作业效率，但按层作业的子母车则可通过合理的调度，降低甚至避免此类问题的发生;第五，非常节能，在同样载重一吨的情况下，堆垛机自重达到5～8吨，耗能甚至超过20千瓦，子母车系统则只需要3千瓦;另外，在同等效率的情况下，子母车系统的成本和堆垛机系统成本相差不大，这也是一个比较大的优势。
3.堆垛机+穿梭车货架系统。这种系统本质上是以堆垛机为主体，将穿梭车取代为堆垛机的货叉可以无限延展，因此它的优势在于存储密度远高于普通的堆垛机仓库，同时柔性也比较大，可以由一台堆垛机结合多台穿梭车来提升作业效率。不过其效率相对堆垛机而言较低，因为无论怎么提升都只能无限接近堆垛机的效率，所以更适合在存储密度要求非常高、效率要求相对不高的场景应用。