辅助设施通常包含消防设施、照明设施、通风及采暖设施、动力设施、给排水设施、环保设施等内容，其作用是保证立库硬件设施的正常运行以及物料的存储环境需求。

自动化程度较高的立体仓储还配备外部功能模块如：自动装箱模块、码垛工作站以及自动分拣站等。
仓库管理系统（WMS）对接入的外部功能模块进行统一监控与管理，并根据生产任务来进行统一调度。智能化管理整个仓储物流系统，使得仓储物流系统能够与生产进行无缝对接，减少在制品/暂存品等物料在生产现场的堆积。