1、由于自动化立体仓库的结构比较复杂，配套设备也比较多，所以需要的基建和设备的投资也比较大。

2、货架安装精度要求高，施工比较困难，而且工期相应较长。
3、存储弹性小，难以应付高峰的需求。难以应付包装多类型的仓储需求。
4、对可存储的货物品种有一定限制，需要单独设立存储系统用于存放长、大、笨重的货物以及要求特殊保管条件的货物。
5、自动化立体仓库的高架吊车、自动控制系统等都是技术含量极高的设备，维护要求高，因此必须依赖供应商，以便在系统出现故障时能得到及时的技术援助。这就增强了对供应商的依赖性。
6、对建库前的工艺设计要求高，在投产使用时要严格按照工艺作业。
7、过度依赖自动化也会有很大的风险，比如当意外停电，夏季限电，或者系统意外当机的时候怎么办？
自动化也并不意味着必须用设施设备完全来替代人工，信息和流程的优化就大有作为，投入也比较少，比如原材料仓库的摆放是按产品系列的，而不是按物料类型，在此基础上再考虑自动化和人工结合，应该更合适。