对设计和使用者来说，如何选择和评价穿梭车系统非常关键。主要应该注意以下几个方面：

1.出入库作业能力
出入库作业能力是衡量穿梭车系统的重要指标。包括输送系统、提升机、穿梭车、堆垛机等所有关联系统或设备的作业能力的匹配，以及拣选工作站的能力等。在实际设计中，要求一个拆零拣选工作站达到600行以上的拣选能力是非常普遍的情况，这对工作站、输送系统的设计也提出了很大挑战。
2. 存储能力
储存能力基本是一个静态指标。不同的设备和技术所能够达到的储存能力是不一样的。一般情况下，储存能力越高越好。密集库系统对储存指标要求比较高，但拆零拣选系统却并不特别追求这一点。要注意储存能力和存取能力的一致性，有时过分追求单一指标是没有意义的。
3. 软件系统
对于箱式穿梭车系统来说，其难点在于软件系统，如何快速高效地响应订单的拣选要求，是考验一个穿梭车系统的关键内容。而对于托盘式穿梭车来说，四向车的控制系统是难点，密集库的管理与作业流程设计与普通仓库也大不一样。
4. 可靠性指标
没有什么比可靠性指标更重要的了。什么是可靠性指标？很多人不是很明白；在FEM标准中，有一个可用度指标可以用来描述系统的可靠性。其计算公式是：
系统的可用度S=（系统的可用时间T1/系统运行的总时间T0）*100%
具体应用到穿梭车系统，可以将系统分为若干部分，对于串行系统，每部分的权重为1，对于并行系统，每个并行支线的权重为1/n（n为并行子系统的数量）。系统的可用时间是指系统总时间扣除故障恢复时间所剩余的时间。FEM规定，系统的可用度大于97%才能正式上线运行。此外，还有一个指标叫做平均无故障时间MTBF（Mean time between failure），其单位为小时。MTBF越大，系统越可靠。这一指标对于单一设备的评价非常适用，但用于对物流系统的可靠性评价却并不适用。其理由是物流系统非常复杂，存在很多“部分可用”的情况，无法用这一指标来评估。