自动化立体仓库投入使用后，为了能够有效配合立体库作业，传统的运行模式是在入库端和出库端增加人力数量或者输送机数量。此时，另一种全新的穿梭车运行模式开始与自动化立体仓库互相配合使用，利用定向移动的穿梭车代替人力和输送机，并且在效率上有了一定提升。单个穿梭车往复运行搬运商品逐渐暴露出输送能力不足的缺点，与此同时，多个穿梭车环形运行模式开始试验并得到进一步推广，大大提高了作业效率，同时提高了仓库的自动化管理水平。

驶入式高位存储仓库应用后，高位叉车在通道内往复搬运商品的作业模式亦显现出劣势：工作人员作业存在安全隐患、作业时效受制于叉车驾驶员的熟练程度。穿梭式货架系统开始应用于市场，位于通道轨道上的穿梭车代替高位叉车往复运动，其具有高速运行、平稳移动、定位精准的特点。不同形式的穿梭车不断出现，具有代表性的是穿梭子母车：子车在通道穿梭存取货物，母车配合子车自动更换通道，作业效率又进一步得到提高。
近几年发展迅速，多批次、大单量的单多件商品开始成为输送主体，传统输送方式的穿梭车突显落后。多层穿梭车作业模式进入市场，其具有快速作业、更高效载货和多伸位存储的优势。作业模式增加货物排序功能，可以为订单拣选送货，还可以为拣选面补货等。可应用于暂时存放，也可支持生产作业，多样化的作业模式应用范围更广。
目前，都推出自己最新的穿梭车运行系统，等待市场检验，更加智能化的穿梭车将继续应用于仓储物流系统。
穿梭车式货架仓库，货架也接通道排列，每个通道也都是存货通道，但没有设置坡度，每个通道都设有供穿梭车运行的轨道，穿梭车在巷道里往复运行，自动存取和搬取货物，提升了物流效率，而且穿梭车可以和堆垛机、自动叉车或穿梭车配合，自动进行不同列、不同层及不同通道之间的交换，调度更加灵活，自动化程度更高。
穿梭车式货架仓库的核心设备是穿梭车。穿梭车又称为轨道式自动导引车，具有速度快、可靠性高、成本低等特点，它是立体仓库的重要设备，并与其他物流设备实现自动连接，如出入库站台、缓冲站、输送机、升降机和机器人等，按照计划进行物料的输送。穿梭车的行驶速度一定程度上决定了整个货架仓库的物流效率；穿梭车的供电方式、持续行进能力等决定了货架仓库安装施工的难度；穿梭车的智能程度决定了货架仓库的智能化程度以及设计难度。